本次机战Y的任务在机战30的基础上做了一些改变，在任务流程图中可以看到一部分关卡的解锁条件。本作的支线关卡设计角色的加入、换机、强化和武器解放。 初版可能有错误和缺失，后面会持续修正。
支线关卡
“/说明关卡互斥，只能完成其中一个”
「CHAPTER·02」
「圣少女们」（翔、达巴的击坠数50以上）→「两颗心」（达巴的击坠数55以上） +「悠久的拜斯顿·威尔」
「庄严王子出击」→ 「第六人的忧郁」（兔子小队5人组的击坠数85以上）、「成为英雄之路」（不要完成战斗的意义）
「赤色彗星的视线」/「隆迪尼翁之钟」 →「白色流星所见的光」→「超越时间，超越宇宙」（阿姆罗、卡缪的击坠数90以上）
「坎贝尔星人之谜」→「鸟儿唱起毁灭之歌」（豹马、洸的击坠数100以上）
「正义与友情，以及其去向」→「懂得何谓痛楚的人们」（希罗的击坠数55以上 ）
「CHAPTER·03」
「复仇的恶魔」→「跨越师傅、跨越自己」
「CHAPTER·05」
「吹向未来的风」→「NOAH BRAND的觉悟」
「拜斯顿·威尔的意志」→「圣战士的资格」
提前解锁命运高达
1、完成「CHAPTER·02」任务 「受诅咒的MS」
2、真的击坠数50以上， 解锁「CHAPTER·02」任务 「决定命运者」
3、在任务中换乘
提前解锁夏亚/沙扎比
1，不要完成「CHAPTER·03」任务 「赤色彗星的邀约」
2，阿姆罗击坠数40以上，解锁「CHAPTER·03」任务「赤色彗星袭来」
巴恩・巴宁格斯&卡拉巴
1，「CHAPTER·02」任务「漂流异邦人」，使用翔与黑骑士战斗，点数+1，使用达巴与黑骑士战斗，点数+1，使用翔击坠黑骑士，点数+2
2，「CHAPTER·02」任务「深渊的归来者」，任意人击坠黑骑士，点数+1/使用翔击坠黑骑士，点数+2
3，「CHAPTER·02」任务「两颗心」，使用翔击坠黑骑士，点数+1，过关时点数+1
4，「CHAPTER·04」任务「NOAH BRAND的挑战」，使用翔击坠巴恩/黑骑士，点数+1
5，「CHAPTER·04」任务「斯维特强袭」，使用翔击坠巴恩，点数+1
6，「CHAPTER·05」任务「拜斯顿·威尔的意志」，使用翔击坠巴恩，点数+1，过关时点数+1
7，「CHAPTER·07」任务「永远的终结」，进入任务时，点数≥8的情况下，剧情增援加入
库珊・奥莉薇&加略山・圣殿
1，「CHAPTER·03」任务「雪与冰的生日」，达巴说得奥莉薇，完成说得条件①
2，「CHAPTER·06」任务「野心启动」，达巴说得奥莉薇，完成说得条件②，然后使用达巴击坠奥莉薇，剧情后增援加入
3，「CHAPTER·06」任务「野心启动」，未完成上述说得条件的情况下，本关开始前达巴的击坠数≥100，也可以完成隐藏条件
奈伊・摩・汉&奥津
1，「CHAPTER·02」任务「漂流异邦人」，奈伊出场后5回合内击坠奈伊，点数+1
2，「CHAPTER·02」任务「来自银河的歌姬」，使用达巴击坠奈伊，点数+1
3，「CHAPTER·03」任务「夜明前的战云」，使用达巴击坠奈伊，点数+1
4，「CHAPTER·04」任务「斯维特强袭」，使用达巴/蕾茜击坠奈伊，点数+1
5，「CHAPTER·06」任务「NOAH BRAND的信念」，使用达巴/蕾茜击坠奈伊，点数+1
6，「CHAPTER·06」任务「NOAH BRAND的执念」，过关时点数+1
7，「CHAPTER·07」任务「永远的终结」，进入任务时，点数≥6的情况下，剧情增援加入
α·瓦索隆
1，解锁并完成「CHAPTER·03」任务「赤色彗星袭来」，让夏亚提前入队。
2，若没能提前解锁夏亚，完成「CHAPTER·05」任务，「轮回的世界」
2，「CHAPTER·05」任务「生命的烙印」，关卡开始前夏亚&邱尼&葵丝的合计击坠数≥150，剧情后获得
亚洲尊者东方不败&尊者高达
1，「CHAPTER·03」任务「复仇的恶魔」，剧情增援之前击坠5台敌人以上，点数+1，过关时点数+1
2，「CHAPTER·05」任务「拜斯顿·威尔的意志」，过关时点数+1
3，「CHAPTER·05」任务「再生、增殖、进化的邪念」，点数≥3的情况下，过关时会出现东方不败的对话，完成加入条件
4，「CHAPTER·06」任务「无止尽的战斗」，完成上述条件，或者多蒙的击坠数≥150，剧情后增援加入
盖尔・杰特克（鲍伯）&达利尔巴尔德
1，「CHAPTER·02」任务「受诅咒的MS」，6回合之内使用斯莱塔击坠盖尔，点数+1
2，「CHAPTER·03」任务「雪与冰的生日」，使用斯莱塔击坠艾兰，点数+1
3，「CHAPTER·03」任务「他们与她的选择」，击坠沙迪克或是萨宾娜，点数+1，风灵强化后击坠沙迪克，点数+1
4，「CHAPTER·04」任务「魔女的心愿」，关卡开始前点数≥4，加入
沉/十驾/鬼蛇/貉&戴纳泽昂RELIVE
1，「CHAPTER·07」任务「受托之物，是什么？」，失马跟古力特骑士成为王牌驾驶员的情况下，使用帝王古力特骑士击坠咬文嚼字怪兽加古拉第二形态
2，「CHAPTER·07」任务「永远的终结」，剧情增援加入
卡路雷乌姆・法乌尔&古拉凡林
1，完成「CHAPTER·06」系列任务「XXX的挑战」后，解锁任务「次元守卫的招待信」
2，执行「CHAPTER·06」任务「次元守卫的招待信」，过关后加入
副主角
1，执行黄金遗产系列任务后加入
提前解锁莱汀强化·姆特隆解放&隐藏后援·响玲子
1，「CHAPTER·02」任务「鸟儿唱起毁灭之歌」，过关时点数+1
2，「CHAPTER·05」任务「来自恐龙帝国的招待」，过关时点数+1
3，「CHAPTER·05」任务「古代记忆苏醒」，使用豹马击坠迦楼达，点数+1，过关时点数+1
4，「CHAPTER·06」任务「回忆的另一端」，进入任务时，点数>3且洸已经成为王牌驾驶员的情况下，将会提前解锁莱汀的「姆特隆解放」能力
5，「CHAPTER·07」任务「斩裂黑暗的光」，过关后获得后援
解说者
1，挑战任务「战术研究记录：G01」过关后加入
隐藏后援·莉莉娜
1，希罗击坠数≥55，且卡托鲁入队的情况下，解锁「CHAPTER·02」任务「懂得何谓痛楚的人们」
2，「CHAPTER·02」任务「懂得何谓痛楚的人们」
3，「CHAPTER·05」任务「轮回的世界」，剧情增援前希罗击坠5名敌人以上，过关后获得后援
隐藏后援·神野铭
1，「CHAPTER·07」任务「开始的两个人/两个人的开始」，喷射杰格击坠数≥100的情况下，使用喷射杰格击坠哥斯拉，过关后加入
结局分歧
1，「CHAPTER·05」任务「孤月照我途/辉夜绽花香」出现选项，选择「寻求与伊邪那对话」将进入天帝路线，选择「拒绝伊邪那」将会进入伊邪那路线
特殊生日精神·机战发售日
1，开始游戏自创角色时，生日设定为4月20日，血型任意
2，具体精神内容为默认精神感应（SP：15）预见（SP：10）、10级幸运（SP：30）、30级气魄（SP：35）、40级直击（SP：20）、50级勇气（SP：40）
